Phân viện Chăn nuôi Nam Bộ là một tổ chức chuyên môn thuộc Viện Chăn nuôi, có nhiệm vụ thực hiện các hoạt động nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ về lĩnh vực chăn nuôi. Phân viện đóng vai trò quan trọng trong việc bảo tồn và phát triển nguồn gen vật nuôi, nuôi giữ giống gốc, và phát triển các giải pháp công nghệ sinh học nhằm nâng cao hiệu quả chăn nuôi. Đồng thời, Phân viện còn có chức năng hợp tác quốc tế, cung cấp dịch vụ tư vấn, và tham gia đào tạo sau đại học tại các tỉnh, thành phố trong khu vực Nam Bộ.
Ngoài ra, Phân viện Chăn nuôi Nam Bộ cũng chịu trách nhiệm xây dựng các mô hình phát triển chăn nuôi phù hợp với điều kiện tự nhiên và xã hội của vùng. Sự phát triển của ngành chăn nuôi không chỉ đóng góp vào kinh tế địa phương mà còn góp phần vào sự phát triển bền vững và an toàn thực phẩm cho cộng đồng.