Genome wide association study on feed conversion ratio using imputed sequence data in chickens
Objective: Feed consumption contributes a large percentage for total production costs in the poultry industry. Detecting genes associated with feeding traits will be of benefit to improve our understanding of the molecular determinants for feed efficiency. The objective of this study was to identify candidate genes associated with feed conversion ratio (FCR) via genomewide association study (GWAS) using sequence data imputed from single nucleotide polymorphism (SNP) panel in a Chinese indigenous chicken population.
Methods: A total of 435 Chinese indigenous chickens were phenotyped for FCR and were genotyped using a 600K SNP genotyping array. Twenty-four birds were selected for sequencing, and the 600K SNP panel data were imputed to whole sequence data with the 24 birds as the reference. The GWAS were performed with GEMMA software.
Results: After quality control, 8,626,020 SNPs were used for sequence based GWAS, in which ten significant genomic regions were detected to be associated with FCR. Ten candidate genes, ubiquitin specific peptidase 44, leukotriene A4 hydrolase, ETS transcription factor, R-spondin 2, inhibitor of apoptosis protein 3, sosondowah ankyrin repeat domain family member D, calmodulin regulated spectrin associated protein family member 2, zinc finger and BTB domain containing 41, potassium sodium-activated channel subfamily T member 2, and member of RAS oncogene family were annotated. Several of them were within or near the reported FCR quantitative trait loci, and others were newly reported.
Conclusion: Results from this study provide valuable prior information on chicken genomic breeding programs, and potentially improve our understanding of the molecular mechanism for feeding traits.
Keywords: Genome-wide Association Study (GWAS); Imputed Whole Sequence Data; Feed Conversion Ratio; Chicken
Genome wide association study on feed conversion ratio using imputed sequence data in chickens
Các kỹ thuật đánh giá khả năng tiêu hóa năng lượng, axit amin, phôt-pho và canxi trong nguyên liệu thức ăn heo
Các kỹ thuật đánh giá khả năng tiêu hóa năng lượng, axit amin, phôt-pho và canxi trong nguyên liệu thức ăn heo
Fengrui Zhang, Olayiwola Adeola
Sử dụng probiotics để cải thiện sức khỏe đường ruột và khả năng sử dụng thức ăn
Sử dụng probiotics để cải thiện sức khỏe đường ruột và khả năng sử dụng thức ăn
Shengfa F. Liao, Martin Nyachoti
Ước tính lượng nitơ và phospho trong chất thải từ lợn thịt nuôi bằng các khẩu phần thường dùng tại Việt Nam
Ước tính lượng nitơ và phospho trong chất thải từ lợn thịt nuôi bằng các khẩu phần thường dùng tại Việt Nam
Vũ Thị Khánh Vân, Đinh Văn Tuyền
Bổ sung axit guanidinoacetic trong khẩu phần heo: ảnh hưởng đến năng suất, đặc tính thân thịt và chất lượng thịt
Bổ sung axit guanidinoacetic trong khẩu phần heo: ảnh hưởng đến năng suất, đặc tính thân thịt và chất lượng thịt
Jayaraman B, La KV, La H, Doan V, Carpena EM, Rademacher M, Channarayapatna G
Mối liên hệ giữa hàm lượng tinh bột, tỉ lệ tiêu hóa và sự phăt triển của bê tới 16 tuần tuổi
Mối liên hệ giữa hàm lượng tinh bột, tỉ lệ tiêu hóa và sự phăt triển của bê tới 16 tuần tuổi
W. Hu, T.M. Hill, T.S. Dennis, F.X. Suarez-Mena, J.D. Quigley, J.R. Knapp, R.L. Schlotterbeck