Analysis of genetic characteristics of pig breeds using information on single nucleotide polymorphisms
Objective: This study was undertaken to investigate the genetic characteristics of Berkshire (BS), Landrace (LR), and Yorkshire (YS) pig breeds raised in the Great Grandparents pig farms using the single nucleotide polymorphisms (SNP) information.
Methods: A total of 25,921 common SNP genotype markers in three pig breeds were used to estimate the expected heterozygosity (HE), polymorphism information content, F-statistics (FST), linkage disequilibrium (LD) and effective population size (Ne).
Results: The chromosome-wise distribution of FST in BS, LR, and YS populations were within the range of 0-0.36, and the average FST value was estimated to be 0.07±0.06. This result indicated some level of genetic segregation. An average LD (r2) for the BS, LR, and YS breeds was estimated to be approximately 0.41. This study also found an average Ne of 19.9 (BS), 31.4 (LR), and 34.1 (YS) over the last 5th generations. The effective population size for the BS, LR, and YS breeds decreased at a consistent rate from 50th to 10th generations ago. With a relatively faster Ne decline rate in the past 10th generations, there exists possible evidence for intensive selection practices in pigs in the recent past.
Conclusion: To develop customized chips for the genomic selection of various breeds, it is important to select and utilize SNP based on the genetic characteristics of each breed. Since the improvement efficiency of breed pigs increases sharply by the population size, it is important to increase test units for the improvement and it is desirable to establish the pig improve ment network system to expand the unit of breed pig improvement through the genetic con nection among breed pig farms.
Keywords: Effective Population Size; F-statistics; Heterozygosity; Linkage Disequilibrium; Polymorphism Information Content
Analysis of genetic characteristics of pig breeds using information on single nucleotide polymorphisms
Các kỹ thuật đánh giá khả năng tiêu hóa năng lượng, axit amin, phôt-pho và canxi trong nguyên liệu thức ăn heo
Các kỹ thuật đánh giá khả năng tiêu hóa năng lượng, axit amin, phôt-pho và canxi trong nguyên liệu thức ăn heo
Fengrui Zhang, Olayiwola Adeola
Sử dụng probiotics để cải thiện sức khỏe đường ruột và khả năng sử dụng thức ăn
Sử dụng probiotics để cải thiện sức khỏe đường ruột và khả năng sử dụng thức ăn
Shengfa F. Liao, Martin Nyachoti
Ước tính lượng nitơ và phospho trong chất thải từ lợn thịt nuôi bằng các khẩu phần thường dùng tại Việt Nam
Ước tính lượng nitơ và phospho trong chất thải từ lợn thịt nuôi bằng các khẩu phần thường dùng tại Việt Nam
Vũ Thị Khánh Vân, Đinh Văn Tuyền
Bổ sung axit guanidinoacetic trong khẩu phần heo: ảnh hưởng đến năng suất, đặc tính thân thịt và chất lượng thịt
Bổ sung axit guanidinoacetic trong khẩu phần heo: ảnh hưởng đến năng suất, đặc tính thân thịt và chất lượng thịt
Jayaraman B, La KV, La H, Doan V, Carpena EM, Rademacher M, Channarayapatna G
Mối liên hệ giữa hàm lượng tinh bột, tỉ lệ tiêu hóa và sự phăt triển của bê tới 16 tuần tuổi
Mối liên hệ giữa hàm lượng tinh bột, tỉ lệ tiêu hóa và sự phăt triển của bê tới 16 tuần tuổi
W. Hu, T.M. Hill, T.S. Dennis, F.X. Suarez-Mena, J.D. Quigley, J.R. Knapp, R.L. Schlotterbeck